Pada tahun 1998, Arroyo menimbang untuk menyertai pertandingan presiden tetapi diyakinkan oleh Presiden Fidel V. Ramos untuk menyertai Parti LAKAS, iaitu parti pemerintahannya, sebagai calon pasangan untuk Jose De Venecia, Speaker Dewan, yang mempertandingkan jawatan Presiden. De Venecia dan Arroyo berkempen di seluruh negara dengan sokongan Ramos dan jentera LAKAS yang amat berkuasa.

Arroyo memenangi jawatan naib presiden dengan hampir 13 juta undi, iaitu melebihi dua kali ganda jumlah undi yang diperoleh oleh pesaingnya yang terdekat, Senator Edgardo Angara. Bagaimanapun, De Venecia ditewaskan oleh Joseph Estrada, penjawat naib presiden terkini.

Arroyo memulakan penggal Naib Presidennya pada 30 Jun 1998. Tidak lama selepas itu, beliau dilantik oleh Estrada sebagai Setiausaha Kementerian Kebajikan dan Perkembangan Sosial dalam Kabinet. Dalam peranan ini, tugas utamanya adalah untuk menyelia rancangan-rancangan sosial kerajaan untuk orang-orang miskin.

Arroyo meletakkan jawatannya dalam Kabinet pada Oktober 2000, dan menjauhkan diri daripada Presiden Estrada yang telah dituduh kerana rasuah oleh seorang bekas penyokong politiknya. Arroyo menyertai masyarakat sivil, dan bersama-sama dengan ramai orang Filipina, mendesak Presiden Estrada meletakkan jawatan. Pihak tentera dan polis negara yang telah awal-awal lagi menarik kesetiaan mereka kepada Estrada kini memindahkannya kepada Arroyo.

Pada 20 Januari 2001, selepas beberapa hari huru-hara politik dan bantahan-bantahan jalan, Mahkamah Tinggi Filipina mengisytiharkan pengosongan jawatan presiden. Pada hari yang sama, Arroyo mengangkat sumpah sebagai Presiden Filipina ke-14 di hadapan Hilario Davide Jr, Hakim Besar Mahkamah Agung.

Penggulingan Estrada kemudian digelarkan EDSA II, selepas Revolusi EDSA 1986 yang meruntuhkan kerajaan Ferdinand Marcos. EDSA merujuk kepada Lebuh Epifanio de los Santos, sebatang lebuh raya di metropolitan Manila yang merupakan tapak utama untuk tunjuk-tunjuk perasaan.

Estrada kemudian mencabar kewajaran pengisytiharan Mahkamah Tinggi, akan tetapi Mahkamah Agung mengesahkan keputusan Mahkamah Tinggi terhadap pewarisan Arroyo. Walaupun Estrada dan pengikut-pengikutnya tidak pernah mengakui Arroyo sebagai presiden yang sah, Arroyo masih dapat menggunakan kuasa serta hak-hak istimewa kepresidenan.